Seminario Evangélico Peruano (SEP) fue fundado el 04 de abril de 1999 e inició sus clases ese mismo año. El 06 de enero del 2000 se constituyó legalmente y adquirió su personería jurídica el 03 de mayo de ese año.
Quedó registrado en el Asiento A-1, de la Partida Electrónica Nro. 11176135 de los Registros Públicos de Lima.
Desde el año 2004 es miembro del Concilio Nacional Evangélico del Perú (CONEP) y participa en la Fraternidad de Instituciones de Educación Teológica del Perú.
El SEP es patrocinado por la Unión Misión Perú (UMP) y desde mayo del 2002 firmó un convenio internacional con la COHEN UNIVERSITY & THEOLOGICAL SEMINARY de california, en los Estados Unidos.
Gracias a ese convenio el SEP otorga y acredita los grados académicos ofrecidos quedando registrados en el Estad de California.